水族箱所需的有益菌种主要有以下三类：

①硝化细菌。属于绝对自营性微生物的一类，包括两个完全不同代谢群：一是亚硝酸菌属。在水中将氨氧化，生成亚硝酸。二是硝酸菌属。可将亚硝酸分子氧化再转化为硝酸分子。因这些硝化细菌能将水中的有毒的化学物质（氨和亚硝酸）加以分解去除，故有净化水质的功能。硝化细菌在水质pH中性、弱碱性，含氧量高的环境下发挥效果最佳。
②光合细菌。因具有光合色素，包括细菌叶绿素和类胡萝卜素等，而呈现淡粉红色，光合细菌能在厌氧和光照的条件下，利用化合物中的氢并进行不产生氧的光合作用，将有机质或硫化氢等物质加以吸收利用，而使耗氧的异营性微生物因缺乏营养而转为弱势，降低发生有毒分解产物的机会，同时，底质中的水质借以得到净化，而促使养殖的水族生物的健康成长。在光合细菌在水的pH值为8.2-8.6的环境下发挥效果最佳，比较适合在海水水族箱中使用。应注意，光合细菌能将硝化细菌转为弱势，因此二者硝化细菌和光合细菌并不适合同时在同一水族箱中使用。 
③“EM”菌群。“EM”是英语Effective 和microorganisms的缩写，意为有益微生物群，是日本琉球大学的比嘉夫教授于1983年研制成功的微生物工程技术中综合性最强的新创造。它是由光合细菌、乳酸菌、放线菌、酵母菌、发酵型丝状菌等5科10属80多种好氧性和厌氧性微生物组成的多种有益的优良微生物菌群，可应用于保健、水产、养殖、种植甚至环保等方面。这些微生物组合在一个统一体中互相促进，共同组成一个复杂而稳定的具有多元功能的微生物生态系统，在水族箱使用后，可抑制有害微生物，特别是病原菌和腐败菌的活动，从而改善水质，并改善鱼类消化道细菌群落，促进鱼类健康快速生长。其功能要超过硝化细菌和光合细菌。前段时间北京一家公司在报纸作广告，征求合作单位。现在市场上还很难见到。