蛋白机的放置方式有很大的学问, 首先蛋白机所吸到的水应该是鱼缸表面的水, 因为蛋白质会凝结在水面, 所以最好的方法是将溢流盒(overflow box)的水直接喂到蛋白机。但是在没办法的时侯, 最好把蛋白机放在过滤缸水位最低的隔层并把喂水泵尽量置於表面；过滤缸过大也会造成蛋白质过於分散，使蛋白机没有效率。另一方法则是把溢流盒(overflow box)的水导入仅可以放置蛋白机或蛋白机水泵大小的容器内, 然後让水满後流回过滤缸, 这样可以确保容器中的蛋白机或水泵能导入蛋白质丰富的水, 可以影响蛋白机功率很大。鱼缸表面不可以凝聚一层像油质的蛋白质, 如果有的话就表示循环水泵功率不足，也可另置水泵放近将水面，将浮於水面的油脂吹向溢流盒。
市面上知名高档品牌及设计原理可分顺流/逆流式(Co / Counter Current), venturi式, venturi + 针叶式水泵, Beckett气阀及Aqua-C的spray injector；更高档的蛋白机设计会采用内循环水泵, 也就是主水泵抽取蛋白机内的水再打泡作不断地循环，而低档的产品则以气泡石加气泵作产生气泡。
Air stone (气泡石)式
这是市面上最低档但也是最便宜的一种蛋白机, 因为气泵所打出来的气压一般都不大, 只能推动很小的水量, 而且很难调整, 除非是很小的鱼缸并且饲养很少的生物, 否则这种蛋白机可说作用不大。
顺流式 ( Co current )
逆流式 ( Counter Current )
Venturi 式
是一般较经济型的蛋白机, 但是功率比Air stone (气泡石)式的可说好了不少。
Venturi tube的原理为利用一条不同直径的管造成，当强劲的水流通过时，在B段因收窄了直径(少於A及C)而令水流速度增加,同时间压力会下降；在此段有一入气位让空气因低压关系被抽入而形成细小气泡。 
一般水管可以调整化氮内水位，要注意选用容易拆洗的, 并且有大型的污水储存杯。此种设计功率平平, 多数适合中小型缸- 饲养鱼或一般的软体. 较大型的鱼缸及水质要求高的软体最好采用更有效率的其他设计，像台制的Macro及无数小品牌就采此设计。
Downdraft型
是ETSS牌的专利, 此品牌采用把鱼缸的水经水泵导入装满生化球的亚加力混合塔, 让水和空气混合後打入反应室。此品牌算是老牌子, 有他的支持者, 但是装满生化球的混气塔需要清洁, 而且气泡颗粒较粗. 但是用来只饲养鱼的大型缸或者饲养鱼只不多的软体缸则绰绰有余。
Needle Wheel(针叶式)
这是目前最流行的高挡蛋白机的设计, 基本上蛋白机结构上无太大分别，所不同是使用了针刷式水泵；它的原理是利用Venturi将空气混入进水, 再由马达的针叶将空气打散, 所得到的气泡非常细且多, 而且马达所需的瓦数不大。 
另外因为马达进水量不大, 所处里的水可以滞流在蛋白机内的时间会延长, 增加蛋白质和空气凝结的时间, 是功效非常好的蛋白机。但是也因为是用针叶打水, 一颗马达所能处里水量有限, 处里大型鱼缸同的太蛋白机所需要的针叶式马达需要用到2-3个以上，能源的消耗会大幅提高。但是针叶式蛋白机较易清洗及效能高, 很适用於中型硬骨珊瑚缸, 尤其是要求吹毛求疵的水质时更是一大利器。相当多的知名品牌都是采此设计. (Royal Exclusiv, Deltec, H&S, Euro-Reef, ASM 以价格高低顺位) 这些都是公认顶级蛋白机. 部份厂牌另有内循环式的更高档机种, 由独立的马达进水, 针叶马达则用作循环蛋白机内的水, 所处里的水可以滞流在蛋白机内的时间进一步延长, 使水质更上一层楼。
Beckett气阀式
Beckett气阀的蛋白机需要用很强大的水压来推动, 推出来的气泡是非常细的, 但是水流量很大, 用电也较大, 所以较适合大型的蛋白机。
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